宝应是“全国科技工作先进县”、“全国科技进步考核先进县”。近几年，科技进步在工农业生产中的贡献份额在扬州市继续保持领先水平。高新技术产业化建设进程逐步加快，截止目前，已建成国家级企业技术中心1家、博士后科研工作站1家、国家重点高新技术企业4家、省高新技术企业24家、省高新技术产品160个。建有“省无公害农业科技示范园区”、“省三水星火技术密集区”。“水生资源立体种养及深加工”被列入苏北星火产业带科技先导型支柱产业建设范围。科技投入逐年增加，科研成果不断涌现。